ابعاد تقریبی مسجد ۱۷۰ ×۱۴۰ می باشد که حیاط آن ۶۰ ×۷۰ متر را به خود اختصاص داده است.
حیاط مسجد جامع اصفهان شامل چهار ایوان در چهار ضلع، رواق‌ها و غرفه‌های دوطبقه در اطراف و دو حوض در مرکز صحن خود است. حوض مرکزی این مسجد به شکل مربع و یک حوض دیگر چند ضلعی در قسمت شمالی قرار دارد.
بر اساس یک کتیبه که در دهلیز روبه‌روی درِ مجلسی یافت شده، صحن مسجد در سال ۱۰۸۴ ه.ق توسط محمدقلی سنگ‌فرش شده‌است. این مسجد دارای دو الواح مقدس در دو سمت ورودی به مسجد است که مربع‌شکل هستند و مربوط به سال ۹۳۵ ه.ق، همزمان با دوران شاه طهماسب اول قرار دارند. هر یک از این الواح با ابعاد ۵۵ سانتی‌متر طول و ۵۲ سانتی‌متر عرض به فاصله‌ای کم از سطح زمین نصب شده‌اند. مردم به هنگام ورود به مسجد دست خود را به این الواح می‌کشند و آن‌ها را متبرک می‌دانند.
لوح‌های حوض مربوط به دوران سلطنت شاه محمد خدابنده صفوی هستند. در آن دوران، دستور ساخت بنایی بر روی حوض صادر شده‌است تا امور مذهبی در تابستان انجام شود و مسافران بیت‌الله‌الحرام نیز در اطراف این بنا اعمال حج را تمرین کنند. این بنا چهار ستون دارد و دو لوح به طول ۵۷ و عرض ۵۰ سانتی‌متر از جنس سنگ مرمر بر روی آن نصب شده‌اند.
در قسمت غربی حوض مرکزی لوح دیگری وجود دارد که مربوط به سال ۹۸۵ ه.ق است و روایتی از دوران سلطنت شاه محمد خدابنده را نقل می‌کند. لوح دیگری نیز در قسمت شرقی حوض وجود دارد که اشعاری به فارسی روی آن نوشته شده‌است. این اشعار با خط نستعلیق به این اشاره می‌کند که به فرمان صدراعظم، فردی به نام یوسف آقا، بر روی این حوض بنا و سجده‌گاهی ساخته‌است.
در مسجد جامع اصفهان، محل‌هایی به نام “دکه” برای اعلان مراحل نماز پیش‌بینی شده‌اند و مکبر حین نماز جماعت بر آن‌ها مستقر می‌شود. این دکه‌ها در حدفاصل صفهٔ صاحب و گنبد نظام‌الملک قرار دارد و همچنین در وسط صحن نیز وجود دارد.
